一、专司文职官的任免----吏部
清朝的吏部，是天聪五年(公元1631年)沿明制而设置的，为管理文职官员的机关。初以“贝勒”(亲王、郡王) 1人总理部务，以下设满、蒙、汉承政 3人，参政 8人，启心郎 1人。崇德三年(公元1638年)七月，裁蒙、汉承政，改为满承政 1人，左参政 2人，右参政 3人，理事官 4人，副理事官 6人，满、汉启心郎 3人，额哲库 2人。顺治元年(公元1644年)停贝勒总理部务，改承政为尚书、参政为侍郎(均无定员)、理事官为郎中(满 4人，汉 2人)、副理事官为员外郎(满 8人，汉 6人)、额哲库为主事(满、汉各 9人)，启心郎未改(至顺治十五年裁)。五年(公元1648年)，定满、汉尚书各 1人，八年命诸王贝勒兼理部务，九年停诸王贝勒兼理部务，十年裁满尚书 1人。十五年(公元1658年)定满、汉左右侍郎各 1人。雍正元年(公元1723年)以大学士兼理部务。以后各官，大量增加，据《钦定大清会典》(光绪朝)及《历代职官表》卷 5的记载，吏部设尚书满、汉各 1人，掌部务(其品级初定满员一品，汉员二品，顺治十六年都改为二品。康熙六年，又改满员为一品，九年均定为二品。雍正八年升为从一品)。左、右侍郎满、汉各 1人(正二品)，掌佐理铨衡，为尚书的副职，并设在、右丞二缺，左、右参议二缺，以及郎中满 9人，蒙 1人，汉 5人。员外郎宗室 1人，满 8人，蒙 1人，汉 6人。主事宗室 1人，满 4人，蒙 1人，汉 7人。司务满、汉各 1人。缮本笔帖式12人。笔帖式宗室 1人，满57人，蒙 4人，汉军12人。经承81人。此外又有额外郎中、员外郎、七品小京官，无定员。除额外官员外，总人数为224 人。
吏部总的职掌，据《光绪会典》卷4 所载是“掌文职官吏之政令，以赞上治万民。凡品秩铨叙之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法，百司以达于部，尚书、侍郎率其属以定议，大事上之，小事则行，以布邦职”。但在封建集权制度统治之下，用人之权，均操之于皇帝，吏部只司签掣之事，并无铨衡之权。特别是军机处成立以后，重要职官的任免，都由军机处秉承皇帝的意旨，直接发表。吏部的事务，只限于稽考中级以下官员的资历，根据例察，予以准驳，只是办理任免手续备案而已。
吏部下设文选、考功、稽勋、验封四个清吏司以及清档房、本房、司务厅、督催所、当月处等单位，分掌本部事务。
(一)文选清吏司：掌考文职官之品级与其选补升调之事，以及月选之政令。其职官有郎中 7人(满 4人，蒙 1人，汉 2人)，员外郎 6人(满、汉各 3人)，主事 5人(满 2人，汉 3人)，笔帖式若干人，经承31人。司之下分设有：
求贤科：承办双月官员注册，进士、举人截取，拣选举人，并恩、拔、副、岁、优贡生就职、就教，考取御史、誉录，考补中书并管八旗各省道府以下各官注册、验看、分发、引见等事项。
开设科：承办单月应补官员注册、验看、分发、引见。并各省题补、升调、实授、试俸、添设裁汰官缺。各省督抚奏请兼衔，并管各省候补，官员注册，销册，知照官员过班。并选拔人员分赴各省委用，服满应补人员选补各缺。
升调科：承办各项议叙，各官添铸更换印信，各官恩诏加级，颁发奏奖捐生执照。
册库：存储京外各员履历官册，承办大学士以下京堂开列请简各衙门题补各缺，京外各官升转诸事之入册、销册。
题稿房：承办满洲大学士以下翰詹等官升补，查核考试中书、御史。
笔帖式科：承办京外各衙门笔帖式及各旗印务笔帖式照咨补放、铨选笔帖式各缺。
此外，还有缺科、典吏科、凭科、都书科、派办处、投供处、大捐处、单双月议选处、搢绅处、缮折处、收发处等机构。
(二)考功清吏司：掌文职官之议叙与处分，三岁京察及大计则掌其政令。其职官有郎中 4人(满 3人，汉 1人)，员外郎 4人(满 2人，蒙、汉各 1人)，主事 3人(满 1人，汉 2人)，笔帖式若干人，经承16人。司之下设有：
四甲(山东甲、江南甲、北直甲、广东甲)：承办各省命盗及各项议叙、议处，汇奏分管各处官员功过册，并一切告病、起复、开复、捐复、副缺、查案、行文、给照等事件。
京察房：核办京察大计，各官俸次功过及造册引见诸事。
此外，收发处、派办处、会奏处等，均光绪三十一年(公元1905年)以后陆续设置的。
(三)稽勋清吏司：掌文职官之勋级、名籍、守制、终养等事。其职官设置有郎中 2人(满、汉各 1人)，员外郎 3人(宗室、满、汉各 1人)，主事 3人(宗室、满、汉各 1人)，笔帖式若干人，经承 6人。司下设有：
稽俸厅：掌稽核在京满、汉文职各官廪俸，其官员由本司之官兼任。
根据《光绪会典事例》记载，稽勋司下还设有贴黄科、都吏科、八旗科及山东、山西、陕西等科。《嘉庆会典》记载还有本房、印房等。
官员遭父母丧亡，要回家“守制”三年，扣足二十七个月为期满，才能除服回任。官员的祖父母或父母年老可陈请“终养”，就是退休回家以奉养老人。以上诸事，均归稽勋司承办。此外，还办理官员的出继、入籍、更名、复姓等事项。
(四)验封清吏司：掌文职官员之封爵、议恤、土官(少数民族聚居地区之本地官)世职及任用吏员等事。其职官设有郎中 2人(满、汉各 1人)，员外郎 3人(满 2人、汉 1人)，主事 3人(满、蒙、汉各 1人)，笔帖式若干人，经承 7人。据《光绪会典事例》所载，验封司分设平房、印房、都吏科、京官科、外官科、土官科、内考科、外考科等单位，分掌本司各项事务。凡官员封爵，皆给诰敕;凡官员因公而死者，皆赠给官衔并荫其子;凡土官皆世袭，给以“号纸”，记土官之职，并载世系及袭职年月;袭职者，换给新号纸。吏员分京吏、外吏。京吏有供事、儒事、经承三职。外吏有书吏、承差、典吏、攒典四职。或为考取，或为募充，经过五年就要更换。以上各吏五年役满，验封司则考其职，凡录取者，一等为从九品，二等为未入流，均注册入于铨选。
(五)清档房：《光绪会典》 卷6为“档房”，《清史稿·职官志一》为“清档房”。设官有清字堂主事2人，掌管吏部档案。
(六)本房：《清史稿》是“汉本房”。设官有汉字堂主事 3人(满 2人，汉军 1人)，缮本笔贴式12人，堂书若干人。其职掌是“缮清字汉字之题本”。即兼办满、汉文之题本。
(七)司务厅：有司务 2人(满、汉各 1人)，经承 3人。掌收发外省衙门的文书。收文登记后，分交各司办理。并管理吏部任用吏员与杂役之事。
(八)督催所：有郎中、员外郎与主事，均无定员，由尚书在司员中轮派。此外有额设经承 2人协助办事。督催所掌催四司议办之件，督以例限。凡四司应题应奏之件，皆察其办理限期。
(九)当月处：有满、汉司员各 1人，由四司郎中、员外郎、主事、七品小京官等按日轮值。掌监吏部印信并收发在京各衙门文书，分交各司办理。
此外，吏部于光绪三十一年(公元1905年)十月奏设学治馆，设提调和教务长 1员，教习 6人，庶务长 2人，文案 2人，检查官 6人，书记 1人，司事 1人，誉录 9人。掌管考试截取拣选举人及分发月选人员，规定每月二十四日举行考试，如有不合格者，令其入馆学习六个月，再行试验，合格者给予修业文凭，不合格者仍令学习一年。光绪三十三年十二月，奏请扩充学治馆，添设法政新班，以六个月为一学期，三学期毕业。宣统三年(公元1911年)四月，清政(蟹)府成立责任内阁，五月，内阁颁布官制，设立制诰、铨叙等局，吏部便裁撤，学治馆归并学部①。
二、掌管户籍财经的机关----户部
户部在古代称为地官、大司徒、计相、大司农等。唐以后称户部。清沿明制，于天聪五年(公元1631年)设户部。最初以贝勒(亲王或郡王) 1人总理部务。下设承政 4人(满 2人，蒙、汉各 1人)，参政 8人，启心郎 1人。崇德三年(公元1638年)，裁蒙、汉承政，定满承政 1人，左参政 3人，右参政 4人，理事官10人，副理事官16人，满启心郎 1人，汉启心郎 2人，额哲库 2人。顺治元年(公元1644年)，停贝勒总理部务，设满尚书，无定员。以下设满、汉左右侍郎各 1人，郎中28人(满22人，蒙 4人，汉军 2人)，员外郎50人(满39人，蒙 5人，汉军 6人)，堂主事 6人(满 4人，汉军 2人)，司主事14人，满司库 9人。汉司务 2人，总人数111 人(除尚书无定员)。以后，户部官员大量增加，据《光绪会典事例》卷19及《历代职官表》 卷6载，其名额为：满、汉尚书各 1人(从一品)。左右侍郎满、汉各 1人(正二品)。堂主事 6人(满 4人、汉 2人)。郎中33人(宗室 1人，满17人，蒙 1人，汉14人)。员外郎72人(宗室 2人，满56人，汉14人)。主事30人(宗室 1人，蒙 1人，满、汉各14人)。司务 2人(满、汉各 1人)。缮本笔帖式20人(均满员)。笔帖式121 人(宗室 1人，满100人，蒙 4人，汉军16人)。经承106人。此外尚有额外郎中、员外郎、主事，七品小京官等(均无定员)。除额外官外，户部官员总人数达362 人。光绪三十二年(公元1906年)九月，在官制改革中，户部改名度支部，并将财政处并入。设尚书 1员，左、右侍郎各 1员，不分满、汉。宣统三年(公元1911年)，改尚书为大臣，侍郎为副大臣，直至清亡。
户部总的职掌是管理全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷、财政等事宜。其机构按地区划分为江南、浙江、江西、福建、湖南、山东、山西、河南、陕西、四川、广东、广西、云南、贵州等14个清吏司;并设有八旗俸饷处、现审处、饭银处、捐纳处、内仓等机构，办理八旗俸饷、捐输等事。其部内的行政事务则由南、北档房、司务厅、督催所、当月处、监印处分别管理。
(一)十四个清吏司：其职官都有郎中(均正五品)、员外郎(从五品)、主事(正六品)，一般是 7至 8人，最多到12人。另外有笔贴式121 人，经承68人，分在十四个司里办事。十四个清吏司分别掌核各该省钱粮收支数目，并兼管一项或数项全国性的事务，主要分兼如下：
1、全国民数谷数，由浙江清吏司兼管;
2、各地麦禾收成分数，由四川清吏司兼管;
3、全国漕政(即海、河运粮事务)，由云南清吏司兼管;
4、全国关税，由贵州清吏司兼管;
5、盐课、参课及八旗官养廉银(在额俸之外所加之银)，由山东清吏司兼管;
6、各省茶课及京中各项支款，由陕西清吏司兼管;
7、“耗羡”银两(即赋税正额外多收部分)之动支，由湖广清吏司兼管;
8、各省“平余”银两(即动支经费每千两扣12两5钱，留存备用者)，由江南清吏司兼管;
9、各省协饷(协济邻省之经费)之动支，由江西清吏司兼管;
10、察哈尔俸饷及各省动支款项报销事宜，由河南清吏司兼管;
11、江宁、江苏、杭州三处织造之奏销，由江南、浙江二清吏司兼管;
12、矿政、钱法(币制)及内仓之出纳，由广西清吏司兼管;
13、八旗继嗣之政令及本部所属官差之更代，由广东清吏司兼管。
此外如福建清吏司又兼管赈济与官房之事，只有山西清吏司只管本省钱粮，不兼办其他事务。
(二)八旗俸饷处：乾隆十三年(公元1748年)设，专管八旗官兵俸饷及其赏恤事务，并管八旗户籍档册。其职官有满洲郎中、员外郎、主事等，均无定员，由尚书酌委。
(三)现审处：乾隆十三年设立，掌审办八旗户口，田房之讼事，须刑讯者，会同刑部审理。
(四)饭银处：设司员 4人(满、汉各 2人)，由尚书于郎中、员外郎、主事、七品小京官内派委，二年更换。清制，各省每年额解户部饭食银若干，作为户部官员的养廉及饭食之用，并以少部分帮贴内阁、军机处、起居注馆、兵部、刑部等机构的饭食费用。其余留作办公费用。本处即掌此项银两之收支。
(五)捐纳房：所谓“捐纳”，即用钱谷买官，汉有“纳粟拜爵”之制，历代或有沿之，清中叶之后尤甚。捐纳房即专司其事。其捐官之制，据《光绪会典事例》卷288载，康熙七年(公元1668年)定：
满洲、蒙古、汉军并现任汉文武官弁，捐输银千两或米二千石者加一级。银五百两或米千石纪录二次。银二百五十两或米五百石纪录一次。进士、举人、贡生捐银及额出仕时，照现任官例议叙。生员捐银二百两或米四百石，准入监读书。俊秀(无出身的文士)捐银三百两或米六百石，亦准入监读书。富民捐银三百两或米六百石，准给九品顶带。捐银四百两或米八百石，准给八品顶带。
这样明订价格，公开的卖官，最初是假借“赈济灾民”为名，因而被列入《会典》的“蠲恤”事例中。以后便有意识地隐讳，所以就不再见于记载了。
(六)内仓：清初沿明制，设“内官监仓”。顺治十年(公元1653年)改为“内仓”。由户部满司员内轮派 2员充监督，二年更换。另设 1人，掌仓内之出纳。内仓所储米豆，供驻京蒙古王公、喇嘛与来京蒙古人员用米及太监、匠役口粮、文武会试供应粮米、祭祀造酒用米等。
(七)南北档房：南档房有满洲堂主事 2人，掌管档案。每三年稽查八旗人丁数目，编造各旗丁档，并管户部满洲官员升补之事。北档房有满、汉领办各 2人，满、汉总办各 6人，汉字堂主事满 2人，汉军 2人，笔帖式20人，掌缮本部满、汉文题本、奏折，并管分拨各省报解之饷银。北档房并不管档案，实际是文书部门，并兼管一部分会计事务。
(八)司务厅：设司务 2人(满、汉各 1人)，经承 2人，掌收登各省衙门来文，呈部堂画阅、编号记档，分发各司办理。
(九)督催所：设郎中、员外郎、主事等，均无定员，由尚书酌派。掌督催十四个司所办事务。
(十)当月处：设司员 2人(满、汉各 1人)，由十四个司司员轮值，掌收登、分发在京各衙门的来文。
(十一)监印处：设司员 4人(满、汉各 2人)，由十四个司司员轮值，按月更换。两人掌监印堂，两人监盐、茶引印。
以上十四司至内仓，都是业务单位。南北档房以下各单位，都是办理文书、档案以及部内的行政事务。
此外，户部所属还有钱法堂、宝泉局等机构，是掌管有关钱币事务及铸钱供全国经费使用。
三、掌管礼仪祭祀及学校科举的机构----礼部及有关机关
清沿明制，于天聪五年(公元1631年)设礼部，由贝勒 1人总理部务，下设满承政 2人，蒙、汉承政各 1人，参政 8人，启心郎 1人。顺治元年(公元1644年)停贝勒总理部务。设满、汉尚书。据《光绪会典事例》卷19及《历代职官表》卷 9规定，礼部职官名额为：满、汉尚书各 1人。左、右侍郎满、汉各 1人。堂主事满 3人，汉军 1人。司务厅司务满、汉各 1人。各司局郎中满 6人，蒙 1人，汉 4人。员外郎宗室 1人，满 9人，蒙 1人，汉 3人。主事宗室 1人，满 3人，蒙 1人，汉 4人。大使汉 1人。笔帖式宗室 1人，满34人，蒙 2人，汉军 4人。堂子尉 8人。堂书10人，儒士20人，经承49人。此外尚有额外郎中、员外郎、主事、七品小京官等，均无定员。除额外官员外，礼部总人数为145 人。
礼部总的职掌是管理国家祀典、庆典、军礼、丧礼、接待外宾，管理学校和主持科举等事。其内部组织机构有仪制、祠祭、主客、精膳 4个清吏司，具体分工是：
(一)仪制清吏司：掌嘉礼、军礼及学校、科举等事务。宣统时因避溥仪讳，改为典制清吏司。其职官有郎中 3人(满 2人，汉 1人)，员外郎 4人(满 3人，汉 1人)，主事 2人(满、汉各 1人)，笔帖式若干人，经承15人。司下分设建言科，王府科、印信科、学校科以及火房等单位，分办本司事务。
(二)祠祭清吏司：掌吉礼、凶礼事务。其职官有郎中 2人(满、汉各 1人)，员外郎 5人(满 3人，蒙、汉各 1人)，主事 2人(满、汉各 1人)，笔帖式若干人，经承 6人。司下分设祭祀科，僧道科、时宪科以及火房等单位，分办本司事务。
(三)主客清吏司：掌宾礼及接待外宾事务。其职官有郎中 3人(满、蒙、汉各 1人)， 员外郎 2人(宗室 1人，满 1人)，主事 2人(满、汉各 1人)，笔帖式若干人，经承 6人。司下分设赏赐科、四译科、芽茶科以及火房等单位，分办本司事务。
(四)精膳清吏司：掌“燕飨廪饩牲牢”事务。其职官有郎中 2人(满、汉各 1人)，员外郎满 2人，主事 3人(满、蒙、汉各 1人)。笔帖式若干人、经承 7人。司下设勘合科，俸粮科(各设经承 1人)，下程科，厨役科(各设经承 2人)及火房(设经承 1人)分办本司事务。每岁元旦与皇帝、皇太后寿诞所设的“大宴”大婚礼之“赐宴”及公主下嫁以及其他庆典之设宴，均备其陈设，序百官之班次，分别定其礼节。宴前先呈宴图及礼节，经御批后，行文各衙门，供备应用物品。
此外，还设有铸印局、会同四译馆、清档房、汉本房、司务厅、督催所、当月处、书籍库、板片库、南库、养廉处、地租处等机构，分掌本部的行政事务。
礼部所属机构还有：
乐部：设于乾隆七年(公元1742年)，管理祭祀、朝会、燕飨的演乐及审定乐器音律事务的机关。设有管理大臣，也称“典乐大臣”，由礼部满人尚书 1人兼任，后改各部侍郎或内务府大臣兼任，无定员。
陵寝礼部衙门：清代皇帝皇后的陵墓，分为盛京陵(兴京或盛京城郊)、东陵(河北省遵化地方)、西陵(河北省易县地方)三处。东、西两陵由礼部、工部、内务府设官管理，盛京陵则由盛京礼部、工部、内务府管理。
盛京礼部：自顺治元年(公元1644年)在北京设六部之后，盛京置官镇守，处理盛京政务。十五年(公元1658年)以后，始陆续设礼、户、工、刑、兵各部。礼部最先设置，掌盛京朝祭之仪。其设官有侍郎、堂主事、郎中、员外郎、读祝官、赞礼官、笔帖式等42人，均为满人①。
太常寺：顺治元年(公元1644年)置，属礼部，掌管坛庙祭祀礼仪的机关。其职官有卿、少卿等。乾隆十四年(公元1749年)，定由礼部满人尚书兼领。
光禄寺：顺治元年(公元1644年)设立，掌管关于典礼预备筵席及供应官员“廪饩”的机关。其一应事宜，由礼部具题，劄寺遵行。自乾隆十三年(公元1748年)以后，特简满族大臣1人总现寺事。职官有卿、少卿、典簿、署正、署丞、笔帖式、司库、库使等，总数70人②。
鸿胪寺：顺治元年(公元1644年)设立，掌管朝会与国家宴会赞导礼仪的机关。一应事宜，均由礼部掌行，乾隆十四年(公元1749年)以后，以礼部满人尚书兼管鸿胪寺事。设官有卿、少卿、鸣赞、学习鸣赞、序班、学习序班、主簿、笔帖式、经承，总数48人③。
国子监：顺治元年(公元1644年)设立，掌国学政令的机关，一应事宜，由礼部掌行。康熙十年(公元1671年)改归本监，一应事宜，由本监掌行。雍正三年(公元1725年)始特简大臣总理监事。以下设官有祭酒、司业、监丞、博士、典簿、典籍、助教、学正、学录、教习、笔帖式、经承、额外汉教习。以后又增设算学、特设满管理大臣 1人，汉助教 1人，汉教习 2人，总数148 人④。(《光绪会典》卷七六)。
国子监内部机构有绳愆厅、博士厅、典簿厅、典籍厅、六堂、南学、八旗官学、算学等单位。其设官及职掌如下：
绳愆厅：监丞满、汉各 1人，经承 1人，其职掌据《光绪会典》卷67所载是“掌颁肄业之规制，而稽其勤惰，有过则书之，考职汇送于吏部，书教习之勤过，凡释奠、释菜，则办其执事。”
博士厅：设博士满、汉各 1人，经承 1人。《光绪会典》卷67载其职掌是“掌教经义，立肄业生之课程而考其业，凡圣制御制之颁发者，皆缮于册而敬储。”
典簿厅：典簿满、汉各 1人，经承 2人，掌章奏文移之事，并掌国子监印。
典籍厅：设汉典籍 1人，掌保管书籍版片及“表章经学之宝”与乾隆御笔籍册。
六堂：为贡生、监生学习之所。六堂名称是率性堂、修道堂、诚心堂、正义堂、崇志堂、广业堂。六堂各有助教 1人，前四堂并各有汉学正 1人，后二堂各有汉学录 1人，共12人，分教入学之贡生、监生。在堂肄业学生，有内班、外班之分。内班每堂25名，六堂共150 名，都在国子监居住，外班每堂20名，六堂共120 名，在外居住，每月赴监上课。内、外班均按其出身之不同，分别规定结业年限。
南学：据《光绪会典事例》卷1091载，雍正九年(公元1731年)“奏准，将毗连国子监街南官房一所，赏给本监，令助教等官及肄业生等居住，是为南学”。又《清史稿·职官志二》说：在学肄业者为南学，在外肄业赴学考试者为“北学”。是因新建学舍毗连国子监街南，故名为“南学”。“北学”或指国子监。
八旗学官：为八旗旗民子弟而设。初时每旗一所，康熙五十年(公元1711年)，改每二旗一所。雍正六年(公元1728年)又恢复每旗一所。每所各设助教满洲 2人，蒙古 1人，教习满洲 1人，蒙古 2人，汉 4人。掌分教学生。
算学：康熙五十二年(公元1713年)在畅春园设算学馆，选八旗世家子弟，学习算法。选择精于数学的大臣，并命皇子、亲王管理。另在钦天监附近，专立算学一所，由钦天监管理。额定学生36人，除考取一部分汉籍学生外，大部分为八旗学生。次年改隶国子监管辖。
此外还有档子房、钱粮处等行政机构。
国子监到光绪三十一年(公元1905年)因另设学部而裁撤，其时学堂事务由学部管理，文庙祀典，另设国子丞1人掌管。
四、掌管全国军事的机构----兵部及有关机关
清于天聪五年(公元1631年)设兵部，后成为管理全国绿营兵籍及武职官兵的机关。初设时以贝勒一人总理部务，下设满承政 2人、蒙、汉承政各 1人，参政 8人。崇德三年(公元1638年)，裁蒙、汉承政，改为满承政 1人，在参政 2人，右参政 3人，理事官10人，副理事官16人，满启心郎 1人，汉启心郎 2人，额哲库 2人。雍正元年(公元1723年)后以大学士兼理部务，皆特简，无定员。据《光绪会典事例》卷19的记载，兵部额设尚书满、汉各 1人，左、右侍郎满、汉各 1人，堂主事满 4人，汉军 1人。郎中宗室 1人，满11人，蒙古 1人，汉 5人。员外郎宗室 1人，满 9人，蒙 1人，汉 3人。主事满 4人，蒙 1人，汉 5人。司务满、汉各 1人，缮本笔帖式15人，均满员。笔帖式满62人，蒙 8人，汉军 8人。堂书 8人，经承65人。总数为221 人。此外还有额外郎中、员外郎、主事及七品小京官，均无定员。
据《光绪会典》卷43记载，兵部“掌中外武职官之政令”，“凡除授封荫之典，乘载邮传之制，甄核简练之方，士籍军实之数”，咸归督理。清代的兵权，由皇帝独揽，凡用兵大事均由皇帝亲裁，有议政五大臣及军机大臣参议谋略，钦命统兵大臣直接指挥。所以说，“名为兵部，但司绿营兵籍武职升转之事，并无统御之权”①。
兵部内部机构有武选、车驾、职方、武库4个清吏司。其设官及职掌如下：
(一)武选清吏司：设郎中 5人(满 3人，蒙、汉各 1人)，员外郎 6人(满 4人，汉 2人)，主事 2人(满、汉各 1人)，笔帖式若干人(满、蒙、汉共78人，由堂官分派 4司办事)，经承21人。本司掌考武官的品级与选补升调之事，考查各地之险要，分别建置营汛;管理少数民族聚居的土司武官承袭封赠等事。
(二)职方清吏司：设郎中 7人(满 5人，汉 2人)，员外郎 4人(满 2人，蒙、汉各 1人)，主事 4人(满、蒙各 1人，汉 2人)及笔帖式若干人，经承11人。掌武职官的叙功，核过、赏罚、抚恤及军旅之简阅、考验等事，并管关禁与海禁。
(三)车驾清吏司：设郎中 3人(宗室 1人，满、汉各 1人)，员外郎 4人(宗室 1人，满、蒙、汉各 1人)，主事 2人(满、汉各 1人)，笔帖式若干人，经承 6人。掌全国的马政及驿传等事务。
(四)武库清吏司：设郎中 3人(满 2人，汉 1人)，员外郎 2人(满、蒙各 1人)，主事 2人(满、汉各 1人)，笔帖式若干人，经承5人。掌全国的兵籍、军器及武科考举之事。
此外，尚有会同馆、捷报处、档房、本房、司务厅、督催所、当月处等行政机构。
兵部本为全国最高军事机关，但自雍正设军机处之后，凡用兵大事，由军机处承皇帝意旨直接指挥，所以《历代职官表》卷12说：“兵部之职，不过稽核额籍老察升员而已。”光绪三十二年(公元1906年)，清王朝为了维持摇摇欲堕的统治，宣布预备立宪，并改革官制。把兵部改名陆军部。改陆军部后，按全国统一厘定官制。陆军部设尚书1人，左右侍郎、左右丞、左右参议各1人。宣统二年(公元1901年)裁尚书、侍郎、丞、参各员，改设正、副大臣，参事官、检察官等。
太仆寺
太仆寺，顺治元年(公元1644年)设立，初无专署，附设在兵部武库司，雍正三年(公元1725年)才另建衙署办事。太仆寺初设卿 2人(满、汉各 1人)，少卿 2人(满、汉各 1人)，总掌马政，每三年则由满卿或少卿1人赴左右两翼马厂阅看，并向皇帝报告总数，然后由兵部核对。乾隆四十四年(公元1779年)，诏令太仆寺衙门派大臣 1员管理，至嘉庆十三年(公元1808年)乃停。设员有：满、汉卿各 1人(从三品)，少卿满、汉各 1人。员外郎满、蒙各二人。主事满、蒙各二人。满主簿 1人，笔帖式16人，经承、厅书、司书 9人，总数38人。凡遇皇帝出巡，太仆寺卿和少卿都要“随扈”(随从帝侧)管理车驾、马驼诸事。
太仆寺内部机构有左右两司与主簿厅。
左右两司，设有员外郎、主事、笔帖式、司书等官，掌考核左右两翼马厂(太仆寺所属边外内蒙地方，按地区分左右翼，有左右翼马厂)马的总数，并根据马匹的数量和优劣而定其功过。
主簿厅，设主簿、笔帖式、经承、厅书等官，掌本寺章奏、文移及档案事务。
光绪三十二年(公元1906年)改革官制，裁撤太仆寺，所掌事务并入原兵部改组的陆军部。
前锋营
前锋营是皇帝宫廷的警卫机构。初设于天聪八年(公元1634年)，当时叫巴牙喇前哨兵，满语叫噶布什贤超哈。顺治元年(公元1644年)，定噶布什贤超哈满洲、蒙古八旗，分左右两翼，每翼各设噶布什贤超哈噶喇依昂邦 1人。顺治十七年(公元1660年)把“噶布什贤超哈噶喇依昂邦”定汉称为“前锋统领”。
前锋营官兵都是从满洲、蒙古八旗中挑选出来，其职务是：一、守卫紫禁城。紫禁城内，由镶黄、正黄、正白三旗轮流值班，由景运门值班之统领督率，紫禁城外围，由正红、镶白、镶红、正蓝、镶蓝五旗轮流值班;二、扈从。凡皇帝外出，负责行在宿卫扈从。派前锋参领侍卫4人，前锋校140人，距御营前后一、二里外，列帐十具以守卫;三、皇帝阅兵，充列前队。《光绪会典》卷87说：“大阅则为首队，介护军以列陈。鹿角(官府衙门外布置的障碍物)开则前进，返则分前锋之半殿焉。”
前锋兵制，以一半人习鸟枪，称为“鸟枪前锋”。基本前锋设队长，鸟枪前锋设什长，都在前锋兵内选任。每旗队长 6人，什长 6人。
前锋营的章奏、文移事务，另选一部分人员管理。
此外，与兵部有关的机构还有护军营，专司守卫宫禁;圆明园护军营，凡皇帝驻园来往，自城至园沿途，本营派护军保卫;步军营，统率八旗步兵和京城绿营的马步兵。
五、司法监察机构----刑部
刑部初设于天聪五年(公元1631年)，以贝勒 1人总理部务。顺治元年(公元1644年)，停贝勒总理部务，设满、汉尚书，无定员。雍正十二年(公元1734年)以后，以亲王、郡王及大学士管理部务，皆特简，无常员。以下各官，历年多有增减。据《清史稿·职官志一》及《光绪会典事例》卷147 所载，刑部职官名额为：满、汉尚书各 1人，满、汉左右侍郎各 1人，堂主事满 5人，汉军 1人，满、汉司务 2人，缮本笔帖式40人。所属直隶、奉天等17个清吏司及督捕司、提牢厅、赃罚库等处，共有郎中38人，员外郎46人，主事38人，司狱 6人，司库 1人，库使 2人，笔帖式124 人，经承98人，总数407 人，在六部中是职官最多的一个部。此外还有额外郎中、员外郎、主事、七品小京官，无定员。
刑部掌全国的刑罚政令，据《光绪会典》卷53载，其职掌是：“掌天下刑罚之政令，以赞上正万民。凡律例轻重之适，听断出入之孚，决宥缓速之宜，赃罚追贷之数，各司以达于部。尚书侍郎率其属以定议，大事上之，小事则行，以肃邦犯。”这说明刑部受理全国刑事案件，主管刑罚及监狱等政令。但若死刑案件，还须与大理寺、都察院共同审核。每年于八月间审办各省所报案件，名为“秋审”。于霜降后审办京内案件，名为“朝审”。“秋审”、“朝审”均会同“九卿”(六部尚书及都察院左都御史、通政使、大理寺卿为“九卿”)，詹事、科、道(六科给事中及十五道监察御史)各官共同审理。凡涉及妇女旌表的案件须会同礼部同审;内外蒙古、热河都统等处有关少数民族的案件，会同理藩院审办。但均由刑部主稿。凡宗室、觉罗氏犯罪，则由刑部、宗人府会同办理。宗室案由宗人府主稿，觉罗氏案由刑部主稿。
全国刑名案件题、咨到部，按省区分17个司办理。17个省区清吏司是：直隶、奉天、江苏、安徽、江西、福建、浙江、湖广(湖南、湖北)、河南、山东、山西、陕西、四川、广东、广西、云南、贵州等。各清吏司除分掌该省刑名案件外，多有兼掌他省区刑名或其他事务。
直隶清吏司：兼掌八旗游牧察哈尔左翼刑名案件。
奉天清吏司：兼掌盛京、吉林、黑龙江刑名案件。收办宗人府、理藩院文移。
江苏清吏司：收办江南道御史、江宁将军、京口副都统、漕运总督等文移。并察核、具奏恩赦案件。
安徽清吏司：收办镶红旗、宣武门文移。
江西清吏司：收办江西道御史、中城御史、正黄旗、西直门等文移。
福建清吏司：收办户部、户科、仓场衙门、左右两翼监督、镶蓝旗、阜城门、福建将军等文移。关领汉官之俸，满、汉官员公费等。
浙江清吏司：收办都察院、刑科、浙江道御史、南城御史、杭州将军、乍浦副都统等文移。刑部汇奏，汇题也由该司定稿呈堂。书吏任职期满，由该司行文吏部签发职衔，给与执照。
湖广清吏司：收办湖广道御史、荆州将军文移。
河南清吏司：收办礼部、礼科、河南道御史、太常寺、光禄寺、国子监、鸿胪寺、钦天监、太医院、东城御史、正红旗、德胜门等的文移。并题请审定每年“热审日期”(每年立秋前凡处以杖罪以下的人犯减等或宽免)。
山东清吏司：收办兵部、兵科、山东道御史、太仆寺、青州副都统、东河总督等的文移。
山西清吏司：收办军机处、内阁、翰林院、詹事府、起居注馆、中书科、内廷各馆、内务府等的文移。支领各司所用纸张物品，年终奏销。汇集各省年例咨报等事。
陕西清吏司：收办大理寺、陕西道御史、西城御史、西安将军等的文移，复核提牢厅支给囚犯的粮数，并掌甘肃、新疆两省刑名。
四川清吏司：收办工部、工科、四川道御史、成都将军的文移，核定秋审条例及九卿交办之案件。并保管、收发刑具。
广东清吏司：收办銮仪卫、正白旗、安定门、广东道御史、广州将军等文移。
广西清吏司：收办通政使司、广西道御史的文移。草拟朝审的题稿。发放囚衣。
云南清吏司：收办镶黄旗、东直门文移，兼掌堂印之封、启等事。
贵州清吏司：收办吏部、吏科、贵州道御史、正蓝旗、朝阳门等的文移。递升递补本衙门汉员、考试书吏。
以上各司均设有郎中、员外郎、主事、经承等官。每官均有满、汉员额。
此外，在刑部里还设有督捕司、掌督捕旗人逃亡事;秋审处，掌核秋审、朝审之案;减等处，遇有恩诏，汇核各省及现审案件的减等事;提牢厅，掌管狱卒，稽察南北所监狱的罪犯，发放囚衣、囚粮、药物等;赃罚库，掌收放现审案内赃款及没收各物以送户部，并保管本部现银及堂印;赎罪处，掌赎罪事务，凡罪犯赎罪者，呈案由请旨奉准后，将赎罪银数送户部。
光绪三十二年(公元1906年)，改革官制，改刑部为法部，统一司法行政，改大理寺为大理院。改革后，法部不再掌审判工作，而成为司法行政机关。各省刑名案件审判后，送大理院复判，都察院也不再参加会审案件，三法司制度从此废除。
大理寺
清初仿明制，置三法司，顺治元年(公元1644年)设大理寺，为平反刑狱的机关。主管官是卿、少卿。顺治元年设满、汉卿各 1人(满二品，汉三品)，少卿满 1人(三品)、汉 2人(四品)。顺治十六年(公元1659年)改满卿为三品，满少卿为四品。康熙六年(公元1659年)又改满卿为二品。九年，满、汉卿俱定为三品，满、汉少卿均定为四品。
大理寺的职掌是：平反全国刑名案件，与刑部、都察院为“三法司”。凡须三法司会勘的重大案件(斩、绞罪案)，先经刑部审明，送都察院参核，再送大理寺平允①。
大理寺分左、右两寺，各设寺丞 3人(满、汉、汉军各 1人)，评事 1人(汉员)、经承 4人。
左寺：掌顺天府一部分州县、直隶一部分府县和奉天、山东、江苏、安徽、浙江、四川、广东、贵州等省死罪刑名案件，以及办理京内吏、户、礼部、都察院、内务府、光禄寺、太常寺、太仆寺、钦天监、太医院、步军统领衙门咨办事件。
右寺：掌顺天府一部分州县，直隶一部分府县和山西、河南、江西、福建、湖北、湖南、陕西、甘肃、广西、云南等省刑名案件，以及办理京内宗人府，内阁、兵部、刑部、工部、通政司、翰林院、詹事府、国子监、鸿胪寺、顺天府等衙门咨办事件。
凡在京重大案件，左、右两寺官员各会同各道御史赴刑部，与承办司会审，名为“小三法司”，各以供词呈报堂官，三法司堂官再行会审，若无疑义，则报请皇帝裁决。各省督抚上报的大案宗卷，随本送“揭帖”一份至大理寺。左、右两寺先据揭帖详推案情，看所拟罪名与引用律例是否符合，预拟意见呈堂官，俟刑部定稿送寺，与所拟意见相合，即画稿会题。凡“热审”时，左、右寺会同刑部各司、都察院各道审决，将刑部审办之案，审拟呈堂，笞罪(以竹板责打)宽免、枷杖减等，人犯暂交该旗或各地方官保释，待立秋后再送刑部执行。
大理寺除左、右寺外，尚有档房和司务厅两个单位。
大理寺官员初为16人。乾隆间员额增至21人。光绪三十二年(公元1906年)改革官制，模仿当时资本主义国家，搞“三权分立”，改大理寺为大理院，专司审判，并配置总检察厅，总理大理院民、刑案件之检察事务。
都察院
清初仿明制，于崇德元年(公元1636年)五月设立都察院。皇太极下谕：“凡有政事背谬，及贝勒大臣有骄肆侵上，贪酷不法，无礼妄行者，许都察院直言无隐。即所奏涉虚，亦不坐罪;倘知情蒙蔽，以误国论。”①顺治初年又规定：“凡朝廷政事得失，民生利弊，以时条上，百官有奸贪污绩，亦得据实纠弹。”②可见，清代的都察院其职能与历朝的御史衙门差不多。都察院初设承政 1人，左右参政各 2人。顺治元年(公元1644年)改承政为左都御史，参政为左副都御史。三年规定左副都御史满、汉各 2人。五年则定左都御史满、汉各 1人。右都御史，为总督兼衔。右副都御史为巡抚、河道总督、漕运总督兼衔，都不设专员。左都御史是都察院的主管官员，《清史稿·职官志二》说：“左都御史掌察覈官常，参维纲纪。”
都察院除监察政治得失外，具体担负的工作是：参预九卿一起议奏折;凡重大案件与刑部、大理寺公同审断;稽察各级衙门、官吏办事的优劣;检查注销文书案卷及封驳事;监察乡试、会试、殿试;巡视各营等事务。
都察院的内部机构设有直接为堂官办事的九房一库。各房库共设经承25人，其中印房 1人，吏房 3人，户房 3人，礼房 2人，兵房 3人，刑房 4人，工房 3人，火房 2人，本房 2人，架阁库 1人，分理堂官交办的各有关事务及管理伙食、保管档案等事。其下办理行政事务的机构有：
经历厅：原名司务厅，顺治元年(公元1644年)设满司务 1人，改称经历后，定经历满、汉各 1人(正六品)。承办科道差事、五城注销，并管辖吏役等事。据《光绪会典事例》卷1030所载，乾隆六年(公元1741年)议准吏、户、刑部一些具体事项归经历管理。
都事厅：顺治元年(公元1644年)设满都事 2人，汉都事 1人，乾隆十七年(公元1752年)改满、汉都事各 1人(正六品)，负责承办缮本及满官册籍。
此外还有值月处、督催所等机构。
都察院所属执行监察任务的机构有：
十五道：是按省区划分的机构，计有京畿、河南、江南(包括江苏、安徽)、浙江、山西、山东、陕西、湖广、江西、福建、四川、广东、广西、云南、贵州等道。十五道的职官各有掌印监察御史(满、汉各 1人)，一般的监察御史，各道的人数不同，十五道共有掌印监察御史30人，一般监察御史26人，总数56人，满、汉各28人(满御史内有宗室 4人，蒙古 2人，汉御史内兼用汉军)，笔帖式32人，经承49人。十五道总数为137 人①。
十五道监察御史初有“坐道”、“协道”之分。“坐道”为空衔，并不办本道之事;“协道”也不固定办理某道事务。至乾隆十四年(公元1749年)始固定各道职掌：除负责稽核本省刑名案件外，并令稽察在京各衙门事务。各道所稽察衙门，《光绪会典》卷69所载如下：
京畿道：稽察内阁、顺天府、大兴、宛平二县，会办京察、大计、军政等事。乾隆二十年(公元1755年)奉旨参治院事。
河南道：稽察吏部、詹事府、步军统领衙门及五城察院等。
江南道：稽察户部宣课司、宝泉局、三库、左右两翼税务衙门及十京十三仓。
浙江道：稽察礼部、都察院。
山西道：稽察兵部、翰林院、六科、中书科、总督仓场及所属坐粮厅、大通桥与通州两仓。
山东道：稽察刑部、太医院。
陕西道：稽察工部、宝源局。监督宝源局发放兵饷，覆勘工部承办在京之工程。
湖广道：稽察通政使司、国子监。
江西道：稽察光禄寺。
福建道：稽察太常寺。
四川道：稽察銮仪卫。
广东道：稽察大理寺。
广西道：稽察太仆寺。
云南道：稽察理藩院、钦天监。
贵州道：稽察鸿胪寺。
光绪三十二年(公元1906年)，增设辽沈、甘肃、新疆 3道，改江南道为江苏、安徽 2道，改湖广道为湖南、湖北2道，共计为20道。
