从明代起，废除了中书省和宰相，由皇帝直接掌管六部百司的政务，实际上等于兼任宰相，把君主独断专行扩大到了顶峰。可是，这只是明初形势下，明太祖带有个人特点(如权力欲极强，猜疑心重，统治经验丰富，精力充沛等)所采取的措施。作为制度，后代不具备这些特点的皇帝是没有能力，也不愿意照样执行的。可是“祖训”又不便公开违背，在这种情况下，经过改造，内阁制度便逐渐形成，以一种新的形式起着限制君主独断专行的作用。
我们知道，明代内阁诸大学士，和以往宰相不同，在制度上始终没有监督六部、百司执行皇帝诏令之权。直到明末崇祯年间，一些阁臣为推卸责任仍在说：“昭代本无相名，吾侪止供票拟。上委之圣裁，下委之六部”(《明史》卷二五七《冯元飙传》)。清代官方著作《历代职官表》也说：“内阁职司票拟，其官创自明初，原不过如知制诰之翰林，并非古宰相之职”(卷二内阁表下案语)。这些话并不错。这正是明太祖这个历史上个别杰出人物废宰相后，给后代政治制度所打上的深深烙印。可是由于限制君主独断专行这一历史总趋势不可遏止，后来的君主和臣属自觉不自觉地逐渐把内阁塑造成了实际上代替宰相的机构。其权力和特点如下：
第一，内阁拥有“票拟”之权。这就使它对皇帝权力的限制，超过了过去的宰相。所谓票拟，便是代皇帝草拟各种文书，大量是关于六部、百司各类政务奏请文书的批答。它可以是先与皇帝共同讨论，作出决定后再草拟成文字，更多的是内阁先拟好批答文字，连同原奏请文书一起送皇帝审批。由于票拟要比以往各朝辅佐君主处理政务的制度更加细致、周到，特别是过去(如唐宋)草拟下行诏令和审核上行奏章的机构，有中书，有门下，有翰林院，比较分散，明代全都归口于内阁，这就给大多数中主单纯倚靠内阁票拟，自己可以不怎么关心政事，提供了极大方便。其结果便是：表面上宰相废去，皇帝直接指挥六部、百司政务;实际上多半依靠“票拟”定夺，皇帝的意志和权力受到内阁诸臣极大的左右限制。如果说儒家的“君逸臣劳”要找一种理想模式的话，那么明代内阁票拟便是这种模式。
《明史》卷一八一《刘健传》：孝宗时与李东阳、谢迁俱在内阁，“三人同心辅政，竭情尽虑，知无不言。(孝宗)初或有从有不从，既乃益见信，所奏请无不纳，呼为先生而不名”。武宗即位，刘健等提出几条压制近幸的办法，“拟旨上，不从，令再拟。健等力谏，谓‘……所拟四疏，(自信正确)，不敢更易，谨以原拟封进’。不报，居数日又言……(表示既不批准票拟，便求退休)。帝优旨慰留之。疏仍不下。越五日，健等复上疏，历数政令十失，……因再申前请。帝不得已，始下前疏，(仍未批准，而是)命所司详议。健知志终不行，首上章乞骸骨，李东阳、谢迁继之，帝皆不许。既而所司议上，一如健等指，帝勉从之”。这是内阁经过斗争，终于将自己意志强加诸皇帝的例子。明武宗是个十分任性的人，为什么他不行使至高无上的皇权，迳直否决刘健等的票拟呢?就因为发展到明中叶，一般情况下如同孝宗那样，照批票拟已成惯例，要想否决，便得提出理由;武宗又提不出理由，于是便只有拖。拖来拖去，被迫批准。
《明史》卷一六八《陈循传》：在比孝宗还要早的景帝时入阁。“帝欲易太子，内畏诸阁臣，先期赐循及高谷白金百两，江渊、王一宁、肖镃半之。比下诏议，循等遂不敢诤(而遵旨票拟)”。为什么景帝更易太子要向阁臣行贿，而不迳直行皇权决断呢?正象武宗一样，就因为缺乏理由，所以害怕阁臣不同意，拒绝拟旨。现在景帝虽达到了目的，但那是由于阁臣腐化怯懦，未尽到职责，属于另一问题;而行贿本身，却正足以说明内阁和票拟确是对君主的独断专行，胡作非为，起着很大限制作用的制度。明末冯元飙曾针对一些阁臣自称只供票拟，不是宰相，以推卸责任的话，批驳说：“夫中外之责，孰大于票拟”(《明史》本传)。这在一定意义上，是符合事实的。
第二，由于票拟是下达皇帝诏令的正常途径，所以明代内阁限制皇帝滥下手诏、中旨的斗争，更加制度化。当时一般的做法是：各类文书全归口于内阁票拟，疑难者由皇帝召阁臣一起商议决定;但必要时皇帝也可在禁中主动提出自己关于政事和用人的意见，通过手诏、中旨(或宦官传口谕)下内阁票拟。对于这类手诏等，内阁可以奉行，也可以拒绝，全都合法。《明史》卷一八一《徐溥传》：入内阁。孝宗弘治五年，“中旨”给一革职者复官，溥等言：陛下“即位以来，未尝有内降(意即全都通过正常途径由内阁票拟)，幸门一开，末流安底，臣等不敢奉诏”。八年溥等又言：“数月以来，奉中旨处分，未当者封还，执奏至再至三，愿陛下曲赐听从……”。“奏入，帝嘉纳焉”。同上卷一九○《杨廷和传》：世宗以孝宗侄、武宗堂弟身份嗣位，欲崇亲生父(兴献王朱祐杬，已死)为“皇”，群臣反对。帝召阁臣杨廷和等，“授以手敕，令尊父母为帝后”。廷和退而上奏说明理由后曰：“臣不敢阿谀顺旨”。“仍封还手诏”。世宗坚持己见，“当是时，廷和先后封还御批者四，执奏几三十疏。帝常忽忽有所恨”。廷和因乞退休。继任者蒋冕、毛纪继续不肯奉行旨意，毛纪且上言曰：“曩蒙圣谕：国家政事，商确(榷)可否，然后施行。此诚内阁职业也。臣愚不能仰副明命，迩者大礼之议(即崇兴献王事)，平台召对，司礼传谕，不知其几，似乎商确矣，而皆断自圣心，不蒙允纳，何可否之有”(同上卷一九○《毛纪传》)。这是指斥世宗口头上表示与内阁商量，实际上拒绝众议，独断专行。
就在这僵持过程中，有一进士张璁上疏支持世宗，提出一套应尊崇兴献王为“皇”的理由与历史根据，“帝方扼廷议，得璁疏，大喜曰‘此论出，吾父子获全矣’!亟下廷臣议”(同上卷一九六《张璁传》)。后又有人支持璁议。以此为起点，经过讨论和施高压手段(给抗拒者廷杖等)，世宗达到了目的。可是从此事也可看出，当张璁议奏上前，世宗虽是一个刚愎自用的人，却不敢硬性贯彻个人意志，独断专行，原因就是他理由和根据不足，不知道自己的要求是否违反儒家经典、礼制、祖训、故事，而这些正是内阁和大臣借以限制皇帝独断专行的法宝。君主专制制度的历史越长，这类法宝积累的也就越多。在尊崇兴献王这事上，如果没有张璁等议，世宗光凭手中皇权，是很难胜利的。而且即便有了张璁等议，拒绝中旨的斗争此后差不多又延续了两年多。这就足以说明，明代皇权受内阁、廷议的限制何等之大了。
也正因如此，在此之后，应信用内阁、而不应滥发中旨的意见，仍接连不断，没有一个皇帝在原则上加以拒绝。同上卷一九六《夏言传》：世宗时上疏言：“今陛下维新庶政，请日视朝，后御文华殿，阅章疏，召阁臣面决;或事关大利害，则下廷臣集议。不宜谋及亵近，径发中旨。圣意所予夺，亦必下内阁议而后行，绝壅蔽矫诈之弊”。“帝嘉纳之”。所谓“圣意所予夺，亦必下内阁议而后行”，等于说皇帝的决定要经过内阁讨论同意，方得实行。同上卷二四○《叶向高传》：熹宗时复入阁，疏言“臣事皇祖(神宗)八年，章奏必发臣拟。即上意所欲行，亦遣中使传谕。事有不可，臣力争，皇祖多曲听，不欲中出一旨。陛下……信任辅臣，然间有宣传滋疑议，宜慎重纶音，凡事令臣等拟上”。“帝优旨报闻”。这条材料和上面夏言疏文精神完全一致，而是用事实证明了这一制度的存在。
当然，由于君主拥有至高无上权力，各个君主的性格并不相同，每届内阁成员又各有特点，所以君主与内阁矛盾后，越过内阁，迳发中旨处理政务之事也不少。如同上卷一八一《李东阳传》：武宗时在内阁，“帝欲调宣府军三千入卫，而以京军更番戍边。东阳等力持不可，大臣台谏，皆以为言。中官旁午(向内阁)索草敕，帝坐乾清宫门趣之，东阳等终不奉诏。明日，竟出内降行之”，即其一例。然而另一面从此例又可看出，处理政务的正规途径应是通过内阁，所以才会发生中官旁午催促，武宗亲自焦急督阵的情况，只是由于不得已，第二天才下内降，而东阳等拒绝中旨，安然无恙，也是合法之证明。《明会要》卷三十《职官二》：万历末，帝“遣内使至工部侍郎林如楚私寓宣敕旨，以奉御汪良德奏准修咸安宫也。辅臣言‘明旨传宣，定例必由内阁下科臣，然后发钞。若不由内阁，不由科发，不经会极门(紫禁城南部通往内阁之门)，不由接本官，突以二竖传宣(中旨)于部臣之私寓，则从来未有之事。向来(如君主)建议诸臣，以旨从中出，犹且虑之，况臣等竟不与闻乎?’不省”。这就是说，不先经票拟的中旨只是皇帝个人意见，随意性大，容易出错(故“犹且虑之”)，所以早已定例必下内阁，由内阁决定是否奉行。奉行，则通过六科给事中，依正常途径下达;不奉行，大概便得封还中旨。不经内阁，皇帝迳下中旨传宣部臣执行，则是违例的。由此可见，明代皇帝虽有时迳下中旨处理政务，似乎由他独断专行，实际上并不合乎惯例、制度，皇帝自己心理上大概也得承受很大负担，怕成不了“明君”，所以明神宗对阁臣的抗议，只得以“不省”了之。反过来也就证明，一般情况下，必得受内阁的限制。
第三，和内阁相配合，还有六科给事中也在制度上直接起着限制皇权的作用。按给事中唐宋本属门下省，金废门下省，明初设六科(吏、户、礼、兵、刑、工)给事中，成为独立机构(清改隶都察院)。其重要权力之一就是：皇帝所下中旨，内阁未反对，草成敕诏;或内阁票拟，合皇帝心意，批准执行，都得再发至给事中处详审。如以为有害整个统治利益，同样可以封还诏书(《明史》卷七四《职官三》)。同上卷九《宣宗本纪》：“谕六科，凡中官传旨，必覆奏始行。”前面已讲，覆奏约始于北魏、北齐之际，宣宗此谕实际上某种程度也是对君主自己专权的一种限制。《明会要》卷三七《职官九》：嘉靖年间，“都察院疏请差御史巡盐，不下阁票拟，(中旨)批答稍误，(迳下六科)，户科给事中黄臣谏曰：‘我朝设立内阁，凡百章奏，先行票拟。今使内阁虚代言之职，中贵肆专擅之奸。关系匪细，渐不可长。容臣封还原本，以重命令’。疏入，即加批如制”。同上卷二一五《骆问礼传》：上疏穆宗，“言诏旨必由六科诸司，始得奉行，脱有未当，许封还执奏”。证明此制一直存在。这样，除内阁外，便又多了一重对皇帝独断专行之限制。
通过以上三点，便可看到，在明代，表面上废去宰相，君主独断专行更加厉害，实际上发展的结果是，君主行使权力时在制度上受到的限制比过去更大，想要独断专行的困难更多了。
必须指出，以上都是就集中了地主阶级统治经验的制度规定而言，实际上在执行中这些制度总要受到各种因素的影响而发生偏颇，甚至极大偏颇。就明代说，这种因素中最重要的一个便是皇帝往往不上朝。本来按祖制他们应该“无日不朝”，甚至一日再朝或早、午、晚三朝(参《大学衍义补》卷四五)。可是由于贪于逸乐，照办的时候很少，如明神宗甚至二十年未上朝。皇帝逐渐对内阁票拟也懒于审批，而让身旁宦官“批红”，致使有时大权旁落。这是明代的一个秕政。但有些著作过于夸大了这一秕政，似乎明代内阁等制度全受宦官操纵，“内阁之拟票，不得不决于内监之批红，而相权转归之寺人”(《明史》卷七二《职官志序》)。这基本上不符事实。因为内阁票拟从明成祖以后逐渐形成，贯穿于明亡前二百多年，从不间断，而宦官之掌权，则要视皇帝是否委任而定，并非制度。如世宗在位四十多年，不但未曾委任，而且制驭甚严。同时即就批红言，按规定只能遵照内阁“票(拟)来字样，用朱笔楷书批之”，执笔者等于一个誊录人，并不允许掺杂个人意见。这一情况，正好是前述皇帝意志受内阁限制的一个具体反映。只有少数几个宦官，得到皇帝特殊宠信，对票拟之审批发生影响。可是其中能算上毫无顾忌，任意改动票拟，甚至另行票拟者，只有武宗时的刘瑾(由正德元年至五年)和熹宗时的魏忠贤(由天启元年至七年)，加在一起不过十二年。这和二百多年的内阁比时间很短，因而应该承认，整个明代在政治上起主要作用的是内阁等政治制度，是内阁的票拟，而宦官造成的偏颇，则是次要的。
